Константин Хабенский родился 11 января 1972 года в Ленинграде. В 1981 году вместе с семьей переехал в г. Нижневартовск, где проживал 4 года. В 1985 году семья вернулась в Ленинград. Окончив 8 классов, Хабенский поступил в техникум авиационного приборостроения и автоматики, но после 3 курса забрал документы, осознав, что техническая специальность не для него. Работал полотером, дворником, уличным музыкантом, монтировщиком в театре-студии Суббота.
В 1990 году Хабенский поступил в Ленинградский Государственный Институт Театра, Музыки и Кинематографии (ЛГИТМиК) (мастерская В. М. Фильштинского). За годы учёбы сыграл в числе крупных ролей: Ломова в водевиле «Шутки» А. П. Чехова, несколько ролей в постановке «Время Высоцкого», канатоходца Матто в «Дороге по Феллини», Чебутыкина в «Трех сестрах». Выпускная работа — Эстрагон (Гого) в постановке Ю. Бутусова «В ожидании Годо».
В 1995 году, окончив ЛГИТМиК, Константин был принят в Экспериментальный театр «Перекресток», где прослужил один год. Одновременно работал на региональном телевидении в качестве ведущего отдела музыкальных и информационных программ.
В 1996 году Хабенский перешёл в московский театр «Сатирикон» им. А. И. Райкина. Здесь молодой актёр был занят в основном на вторых ролях. Среди его работ — спектакли «Трёхгрошовая опера» и «Сирано де Бержерак». Тогда же произошло его возвращение в кино, которое оказалось более удачным — в 1998 году он снялся сразу в трёх картинах: в российско-венгерской детективно-фантасмагорической мелодраме Томаша Тота «Наташа», мелодраме Дмитрия Месхиева «Женская собственность» и социальной драме А. Ю. Германа «Хрусталёв, машину!». Благодаря этим работам на Хабенского обратили внимание, и вскоре он получил небольшую роль в триллере Николая Лебедева «Поклонник». Следующей заметной работой в кино стала главная роль в драме Владимира Фокина «Дом для богатых». За работу в картине Дмитрия Месхиева Хабенскому была присуждена премия в номинации «Лучшая мужская роль» на Гатчинском кинофестивале «Литература и кино».
Первую известность Хабенскому принёс сериал «Убойная сила». Телезрители помнят его как Игоря Плахова. Именно по этой причине он отказывался сниматься в новом сезоне, но затем согласился за повышенный гонорар. Тем временем продолжалась и его работа в театре.
С 1996 года Хабенский выступал на сцене театра имени Ленсовета, где играл заглавную роль в спектакле «Калигула». Среди других работ актёра: Дурачок Карл в «Войцеке» Г. Бюхнера, Эстрагон в спектакле «В ожидании Годо» С. Беккета, Валентайн в «Поживём — увидим» Б. Шоу.
Сегодня Хабенский состоит в труппе театре МХТ им. Чехова, где играет в спектаклях: «Белая гвардия» (роль Алексея Турбина), «Утиная охота» (Зилов), «Гамлет» Юрия Бутусова (Клавдий). Ещё одной заметной работой в кино стала роль Саша Гурьев в фильме Филиппа Янковского «В движении». Позднее он опять снялся у Янковского в «Статском советнике».
Наибольшую популярность Хабенскому принесли фильмы «Ночной дозор» и «Дневной дозор». Персонаж фильма Антон Городецкий стал одной из наиболее известных ролей Хабенского. В 2006 году актёр снялся в картине «Час Пик» по роману Ежи Ставински. В последние годы актёр продолжает играть в кино. Одна из последних его ролей — роль Александра Колчака в фильме «Адмиралъ» и Кости Лукашина в продолжении легендарной «Иронии судьбы».
В 2010 году снялся в главной роли в фильме «Выкрутасы» режиссёра Левана Габриадзе.
С 12 января 2000 года состоял в браке с журналисткой одной из радиостанций Санкт-Петербурга , Анастасией Артёмовной Хабенской (31 марта 1975, Ленинград — 1 декабря 2008, Лос-Анджелес, США.). 1 декабря 2008 года после годичного лечения в Лос-Анджелесе, Анастасия скончалась от опухоли головного мозга, похоронена 15 декабря 2008 года на Троекуровском кладбище Москвы. Снялась в фильмах Линии судьбы, 2003 (журналистка), Убойная сила-5, 2003 (переводчица), Sapiens, 2004 (короткометражный), 9 месяцев, 2006 (пресс-секретарь)
От брака с Анастасией у Константина есть сын Иван Хабенский (25 сентября 2007).
Дружит долгие годы с однокурсниками по ЛГИТМиК Михаилом Пореченковым и Андреем Зибровым.
