Ежегодно через Кемеровскую область мигрирует более 30 видов водоплавающих птиц: кряква, чирок-трескунок, чирок-свистунок, красноголовая и хохлатая чернети, широконоска, шилохвость, свиязь, гоголь, луток, большой крохаль, серый гусь, пеганка и другие. В настоящее время 14 видов водоплавающих птиц внесено в Красную книгу Кемеровской области, малый лебедь и клоктун в Красную книгу России.
Согласно оценкам орнитологов, во многих регионах России численность большинства видов водоплавающих птиц неуклонно снижается. В Кемеровской области численность водоплавающих птиц за 2 последних года снизилась более чем в 1,5 раза.
Среди факторов, оказывающих негативное влияние на состояние популяций водоплавающих в Кемеровской области - нарушения правил охоты, количество нарушений, за последний год выросло практически в 2 раза.
В 2015 г. заповедник «Кузнецкий Алатау» реализует проект, направленный на спасение диких водоплавающих птиц, пострадавших от негативных антропогенных воздействий, временно или постоянно потерявших способность самостоятельно выживать в природе. Реабилитация птиц проходит на базе экологического центра «Озеро надежды», после чего здоровые пернатые будут выпущены на волю, а оставшиеся смогут остаться в центре.
Заповедник создан в 1989 г. для сохранения и изучения типичных и уникальных природных горных комплексов Кузнецкого Алатау, входящего в горно-таежную систему Саян.
В границах заповедника выделена одноименная ключевая орнитологическая территория международного значения как важное место гнездования таежных и евразийских высокогорных видов, включая такие редкие виды, как большой подорлик, балобан, коростель, горный дупель.