Центр призван обеспечить эффективную аналитическую и информационную поддержку процессов управления транспортным комплексом, а также принятия решений не только при угрозах возникновения чрезвычайных ситуаций, но и в условиях чрезвычайной ситуации и ликвидации ее последствий, а также в повседневной жизни.

Основными задачами Координационного центра являются: мониторинг состояния обеспечения транспортной безопасности; выявление угроз совершения актов незаконного вмешательства; выявление нештатных ситуаций, анализ и моделирование развития ситуации; информационно-техническое обеспечение деятельности ответственных лиц; определение направлений действий; управление ситуацией – принятие решения и контроль ситуации. Обеспечивающие функции центра включают в себя сбор информации, ее обработка и визуализация, а также проведение и документирование совещаний, и дальнейшее хранение данных.

В Координационный центр входит ряд подсистем, обеспечивающих его работу. Ключевой является подсистема взаимодействия с внешними информационными системами, созданными в рамках Комплексной программы обеспечения безопасности населения на транспорте (Единая государственная информационная система обеспечения транспортной безопасности, система сбора результатов технического мониторинга и контроля объектов транспортной инфраструктуры). Также работу Координационного центра поддерживают подсистема защиты информации, подсистема видеоотображения и визуализации, и подсистема видео- и аудиоконференцсвязи.